La plupart des trains du centre de Tokyo sont gérées par la compagnie « Japan Railways East ». Le réseau JR est composé de 15 trains circulant dans Tokyo. Si vous possédez le JR Pass, vous aurez accès à ces lignes ainsi qu’aux Shinkansen déservant les gares de Shinagawa, Tokyo et Ueno.

Ligne Yamanote

D’une forme circulaire, c’est la ligne ferroviaire la plus importante de la capitale. Empruntée quotidienne par 3,7 millions de passagers, elle dessert 30 gares de Tokyo. En fonction d’où vous résidez, vous aurez facilement à parcourir la moitié de la ligne; ce qui vous prendra environ 30 minutes.

Ligne Shonan-Shinjuku

Relie Tokyo, Yokohama et Kamakura

Ligne Chuo Sobu

Traversant Tokyo d’Est en Ouest, la ligne relie les gares de Mitaka (ouest de Tokyo) et Chiba passant par des gares importantes comme les gares de Tokyo, Akihabara ou Shinjuku.

Ligne Keio

Entre les gares de Shinjuku et de Sasazuka (ouest de Tokyo)

Ligne Saikyo

Entre Osaki (Sud de Tokyo) et Omiya (direction Saitama). Passe par les gares d’Ebisu, Shinjuku ou encore Shibuya

Ligne Keishin-Tohoku 

C’est une ligne très fréquentée reliant les villes de Saitama, Tokyo, Kaiwasaki et Yokohama (du nord au Sud de Tokyo).